Die Bauarbeiten für den Tunnel Engelberg starteten 2001. Dank diesem Tunnel wurde die Transportkapazität mehr als verdoppelt. Vor dem Bau konnten pro Stunde etwa 400 Fahrgäste von und nach Engelberg transportiert werden. Nach dem Bau über 1'000. Zudem wurde die Reisezeit Luzern – Engelberg unter 50 Minuten gesenkt. Dank dieser verkürzten Fahrzeit im Stundentakt kann die Zentralbahn eine Komposition einsparen.
Im August 2005 erreichten die Bauarbeiten die geologische Störzone der Quintnerkalkstrecke. In der geologischen Prognose wurde schon vor dem Bau darauf hingewiesen, dass in der Quintnerkalkstrecke viel Wasser auftreten werde. Allerdings war man davon ausgegangen, dass das Wasser nur kurzzeitig stark in den Tunnel eintreten würde, bis sich die unterirdischen Hohlräume im verkarsteten Fels geleert hätten. Dies war jedoch nicht so. Nach 2 Wassereinbrüchen 2002 und 2003 überstiegen die Ereignisse im August 2005 sämtliche bisherigen Dimensionierungsannahmen und richteten im Engelbergertal grosse Verheerungen an und einen weiteren Wassereinbruch im Tunnel. Aufgrund dessen wurde der Weiterbau am Tunnel eingestellt und die Projektorganisation neu geregelt. Rothpletz, Lienhard + Cie AG hat den Auftrag zur Gesamtprojektleitung erhalten und hat das Projekt erfolgreich zu Ende geführt, bis zur Eröffnung des Tunnels im Dezember 2010 und dem Abschluss der Rückbauarbeiten sowie dem administrativen und juristischen Abschluss im Jahre 2013.